对因征地补偿费分配问题引发纠纷起诉到法院，法院能否受理的问题以及是否作为民事案件受理，最高法院有过不同的司法解释。最高法院研究室于2001年7月9日对广东省高级人民法院的答复[法研(2001)51号]认为:“农村集体经济组织与其成员之间因收益分配产生的纠纷，属平等民事主体之间的纠纷。当事人就该纠纷起诉到人民法院，只要符合民事起诉法第一百零八条规定，人民法院应当受理。”2001年12月31日，最高法院研究室又以法研(2001)116号答复指出，农村村民因土地补偿费、安置补助费问题与村民委员会发生纠纷的，人民法院可以参照法研(2001)51号答复办理。而在2002年8月19日，最高人民法院立案庭浙江省高级人民法院的批复[(2002)民立他字第4号]则认为，“农村集体经济组织成员与农村集体经济组织因土地补偿费发生的争议，不属于平等民事主体之间的民事法律关系，不属于人民法院受理民事诉讼的范围。对此类争议，人民法院依法不予受理。对于不需要由农村集体经济组织安置人员的安置补助费和地上附着物、青苗补偿费发生的争议，属于平等民事主体之间的民事权利义务争议，属于人民法院受理民事诉讼的范围。”由于司法解释的矛盾，导致实践中各地法院对此类纠纷的受理存在很大的随意性。

2005年7月29日，最高人民法院法释[2005]6号《关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》第一条明确指出“承包地征收补偿款分配纠纷”属于人民法院受案范围。从而终结了这场争论。而且人最高院公布的案由有承包地征收补偿款分配纠纷。